Podatek VAT rozliczany jest przez podatników samodzielnie. Oznacza to, że organ podatkowy tylko wyjątkowo dokonuje obliczenia podatku VAT, najczęściej w sytuacji pomyłki wykrytej w trakcie kontroli lub postępowania podatkowego. Samodzielne rozliczanie wiąże się z wieloma obowiązkami leżącymi po stronie podatnika poczynając od rejestracji dla celów rozliczania konkretnych transakcji, poprzez prowadzenie stosownych ewidencji, które okresowo udostępniane są organom podatkowym, kończąc na zapłacie podatku.